OmniAuth で callback 後セッションが消える問題

おそらく csrf_token なしで戻ってくるからです。
なので、たとえば、callback 後のメソッドが SessionsController#create なら、

class SessionsController < ApplicationController
  protect_from_forgery :except => :create
  ...
end

のようにします。

参考

empty session after OpenID callback · Issue #203 · intridea/omniauth · GitHub